DNA接合反應計算

在接合載體片段（vector)與插入片段(insert)的時候，通常都是用莫爾數比1:3（vector:insert)來調配反應比例。
在20µl的接合反應裡，載體片段我會固定使用50ng，再去計算需要的插入片段質量。
簡單算法為50乘以3、再乘以插入片段的bps長度、再除以載體的bps長度，即可算出需要的插入片段質量。
然而，需要注意在調配接合反應時的總DNA（vector+insert)濃度不宜超過10ng/µl，否則DNA會傾向於連接成重複序列的線狀，而不是接成環狀。只要不是環狀，載體通常就無法在大腸桿菌裡複製。也就是說，當插入片段與載體等長或更長的時候，依我上述的配方，總DNA濃度就會超過10ng/µl，會大大減低環狀接合成功機會。在這種情況下，我們可以減少載體質量，然後重新再算一次，直到總DNA濃度低於10ng/µl。然而，減少載體就等同於減少之後能挑選的菌落數。

那有沒有什麼好方法能在不減少載體的情況下，減低DNA連接成線狀的機會呢？

有的，減少插入片段的莫爾數比。

下圖用2027bps的插入片段作為例子，配製成不同的莫爾數比來進行接合反應所能成功的比例。簡而言之，如果要降低莫爾數比，最好也不要低於1。

接下來純粹就是我個人宅宅的黃金比例偏好了。

準備好了嗎？

假設莫爾數比3的成功率最高，而莫爾數比1的成功率又明顯較低，再依照其他較低的莫爾數比成功率來看，他們之間並無直線關係。應該是類似酵素飽和曲線那樣，到了某一個莫爾數比之後，成功率就不會再上升了。而那個關鍵的莫爾數比，是多少呢？
我依圖中的數據可以畫出一條曲線來簡要表示莫爾數比與成功率的關係，而在圖中（我擅自認定）的約1.618時，應該就是最接近那個關鍵的莫爾數比。
為了算式漂亮，我把載體質量改成49.45ng，這樣在乘以1.618後就會剛好為80，然後再乘以插入片段的bps長度、再除以載體的bps長度，即可算出在「黃金比例」之下需要的插入片段質量！

反正都做得出來，哪何不用能讓自己開心的方式去做？（啊～研究生活的小確幸）

圖片來源：Takara ligation kit, http://www.takara.co.kr/file/manual/pdf/6022.pdf